Né à Bruxelles en 1957. Humanités classiques (latin – mathématiques). Etudes universitaires à Bruxelles (Université Libre), Paris (Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales, Ecole Pratique des Hautes Etudes, Sorbonne) et Mons (Université de l’Etat) (1975 – 1987). J.-M. Dufays y a pour maîtres l’helléniste R. Crahay et les médiévistes M.-A. Arnould et B. Guenée. En psychanalyse, il est l’élève du psychiatre M. Jaskold Gabszewicz. Subsidiées par la Fondation H. Pirenne de l’Académie Royale de Belgique, ses recherches philologiques et psychanalytiques relatives à la philosophie de l’histoire sont récompensées par le prix S. Tassier de l’Université de Bruxelles. Licencié en philosophie et lettres (1980). Agrégé de l’enseignement secondaire supérieur (1981). De 1981 à 1985, préparation à Paris d’une thèse de doctorat sur la théorie de l’histoire au XVIIème siècle et recherches sur l’histoire de la psychanalyse. Diplômé en histoire et technologie du livre (1986) et en histoire des sciences et des techniques (1987). Titulaire du Certificat d’aptitude pédagogique approprié à l’enseignement supérieur (2003).
Successivement chercheur au Fonds National Belge de la Recherche Scientifique et chargé de cours à l’Institut d’Enseignement Supérieur Social de l’Etat de Bruxelles, J.-M. Dufays est ensuite assistant à l’Université de Mons-Hainaut, chargé de séminaires sur l’histoire psychanalytique au Centre d’Etudes sur la Psychanalyse de l’Université de Bruxelles, dont il est co-fondateur, puis sur l’histoire de la psychanalyse dans le cadre du 3ème cycle interuniversitaire en Histoire des Sciences et des Techniques organisé par le Fonds National de la Recherche Scientifique et l’Université de Liège. Parallèlement, il est chercheur à l’Institut d’Etude des Religions et de la Laïcité de l’Université de Bruxelles. Avant d’être chargé de mission au Service des méthodes de la Direction générale de l’Enseignement de la Ville de Bruxelles, il devient professeur d’histoire économique, de géographie humaine et de philosophie à l’European University, puis de communication écrite, d’histoire de l’art et d’anthropologie à l’Institut Européen de Communication. Pendant plusieurs années, il donne des cours d’histoire, de français, de morale, de latin, de géographie et de sciences sociales dans l’enseignement secondaire général, technique et professionnel, principalement à l’Ecole Decroly (pédagogie nouvelle), tout en étant maître de stage à l’Université de Bruxelles. Enfin en 1998, il est élu maître-assistant à la Haute Ecole P.-H. Spaak, devenue en 2016 la Haute Ecole Bruxelles Brabant, où il forme des futurs enseignants (histoire, didactique de l’histoire, philosophie, histoire des religions et histoire de la littérature).
J.-M. Dufays a été secrétaire du groupe de contact d’histoire de l’historiographie du Fonds National de la Recherche Scientifique, responsable de l’Unité de Recherche « Histoire des systèmes de pensée » à la Haute Ecole Spaak, membre de plusieurs sociétés savantes à Paris et associations pédagogiques à Bruxelles.